Index A | C | D | F | G | I | M | P | Q | R | S | T | U | V | W | X A add_obvious_bonds() (in module tmos.build_rdmol) assert_same_ring() (in module tmos.tmos) assess_atoms() (in module tmos.build_rdmol) C check_ligand_exception() (in module tmos.tmos) cleave_mol_from_index() (in module tmos.tmos) compare_fingerprint() (in module tmos.tmos) compute_centroid_excluding() (in module tmos.tmos) copy_atom_coords() (in module tmos.build_rdmol) correct_ferrocene() (in module tmos.tmos) D detect_additional_bonds() (in module tmos.tmos) determine_bonds() (in module tmos.tmos) determine_bonds_mda() (in module tmos.build_rdmol) determine_bonds_openbabel() (in module tmos.build_rdmol) determine_bonds_rdkit() (in module tmos.build_rdmol) determine_connectivity() (in module tmos.build_rdmol) F find_atom_mapping() (in module tmos.graph_mapping) find_metal_index() (in module tmos.tmos) find_missing_coords() (in module tmos.tmos) find_molecular_rings() (in module tmos.graph_mapping) first_traceback() (in module tmos.utils) fix_missing_coords() (in module tmos.tmos) G get_atom_charge() (in module tmos.build_rdmol) get_atom_environment() (in module tmos.graph_mapping) get_coordinates() (in module tmos.geometry) get_distance() (in module tmos.geometry) get_geometry_from_mol() (in module tmos.geometry) get_geometry_from_xyz() (in module tmos.geometry) get_ligand_attributes() (in module tmos.tmos) get_molecular_formula() (in module tmos.utils) get_tm_attributes() (in module tmos.tmos) I implicit_hydrogen_atom_mapping() (in module tmos.graph_mapping) M module tmos.build_rdmol tmos.geometry tmos.graph_mapping tmos.reference_values tmos.tmos tmos.utils mol_from_smiles() (in module tmos.tmos) mol_to_graph() (in module tmos.graph_mapping) mol_to_smiles() (in module tmos.tmos) molecular_formula_to_dict() (in module tmos.utils) P prepare_complex() (in module tmos.tmos) Q qcelemental_to_rdkit() (in module tmos.build_rdmol) R reform_metal_complex() (in module tmos.tmos) S sanitize_complex() (in module tmos.tmos) sanitize_ligand() (in module tmos.tmos) sanitize_molecule() (in module tmos.tmos) save_to_json() (in module tmos.utils) T tmos.build_rdmol module tmos.geometry module tmos.graph_mapping module tmos.reference_values module tmos.tmos module tmos.utils module U update_atom_bond_props() (in module tmos.build_rdmol) update_formal_charges() (in module tmos.build_rdmol) V validate_mapping() (in module tmos.graph_mapping) view3D() (in module tmos.utils) W wipe_molecule() (in module tmos.tmos) X xyz_to_rdkit() (in module tmos.build_rdmol)